In de SDE-regeling is de mogelijkheid opgenomen dat, onder bepaalde voorwaarden, maximaal een jaar uitstel kan worden aangevraagd bij RVO. Zo moet de reden van uitstel buiten de invloedsfeer van de initiatiefnemer liggen en moet worden aangetoond dat het project voldoende voortgang laat zien, zodat het binnen dat extra jaar operationeel kan zijn.
Vier jaar na afgifte van de SDE-beschikking gaat de teller wel lopen. Als het project nog niet operationeel is, gaat dit ten koste van de mogelijkheid om in het 16e jaar aanspraak te kunnen maken op subsidie voor misgelopen productie binnen de 15 jaar waar de SDE-subsidie betrekking op heeft.
Voor het verstrekken van SDE-subsidie gelden strenge eisen die, met goedkeuring van de Europese Commissie, zijn vastgelegd in regelgeving. Die strenge eisen zijn er onder andere om staatssteun te voorkomen. Deze regels kunnen niet zomaar worden aangepast, RVO moet zich daaraan houden.